Die Bestände der Flussperlmuschel gingen in den letzten hundert Jahren um über 90 Prozent zurück.
Die Jahrmillionen der Evolution hat sie durch Anpassung in meisterhafter Inaktivität überlebt, der Brutalität von hundertfünfzig Jahren Industriegesellschaft ist sie aufgrund ihrer spezialisierten Lebensweise nicht mehr gewachsen. Gerade rechtzeitig haben Naturschützer und Regierungen erkannt, dass die Flussperlmuschel, die ein Indikator für intakte ökologische Verhältnisse ist, nur noch mit Hilfe des Menschen überleben kann. Die Gewässerverschmutzung stellt den Hauptgefährdungsfaktor dar. Hinzu kommen die Versauerung des Bodens und die Tatsache, dass die Muschel auf die Bachforelle angewiesen ist, ohne deren Vorhandensein sie keine Überlebenschancen hat.
In den Roten Listen der Bundesrepublik und der betroffenen Bundesländer wird die Muschel als eine »vom Aussterben bedrohte Art« geführt. Auf dieser Grundlage sind bereits von Regierungsstellen umfangreiche Schutzkonzepte erarbeitet und in die Tat umgesetzt worden. Sie teilen sich in Maßnahmen zur Wiederherstellung des gestörten Lebensraumes und Maßnahmen zum Erhalt des bestehenden Bestandes, zu denen die künstliche Infizierung der Wirtsfische mit Glochidien und die Überwachung der kritischen ersten Lebensjahre der Jungmuschel gehören.
Nach der Bundesartenschutzverordnung gilt die Muschel, wie bereits erwähnt, als vom Aussterben bedrohte Tierart. Im Washingtoner Artenschutzübereinkommen ist sie noch nicht enthalten, aber die Roten Listen der USA und Russlands führen sie ebenso wie die meisten europäischen Länder als gefährdet auf.
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